آنالیز بیوانفورماتیکی ژن موثر در کاهش کادمیوم خاک در گیاه آرابیدوپسیس

سال انتشار: 1400
محل انتشار: ششمین همایش بین المللی دانش و فناوری علوم کشاورزی ، منابع طبیعی و محیط زیست ایران
کد COI اختصاصی: MDCONF06_144
زبان مقاله: فارسی
تعداد مشاهده: 276

نویسندگان

فارغ التحصیل کارشناس ارشد دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

چکیده

مطالعات بیوانفورماتیکی جهت بررسی ساختار یک ژن و نیز عملکرد آن در پاسخ به تنشهای محیطی ابزاری کاربردی بشمار می آید. گیاه آرابیدوپسیس Arabidopsis thaliana بعنوان مدلی مناسب در مطالعات مولکولی گیاهی شناخته و اطلاعات زیادی از آن در پایگاه داده ها در دسترس است. ژن AT۲G۳۷۰۵۰ آرابیدوپسیس براساس پژوهشهای انجام شده در کاهش کادمیوم خاک نقش بسازایی دارد است. در این مطالعه سعی شده است براساس داده های بیوانفورماتیکی این ژن مورد ارزیابی قرار گیرد. براساس نتایج در توالی این ژن درصد تیمین۳۳، آدنین ۲۷، گوآنین ۲۲ و سیتوزین ۱۸ میباشد. این ژن برروی کروموزوم ۲ گیاه قرار دارد و از آن ۴ رونوشت بدست آمده که همه کدکننده پروتئین هستند و ۵۸ اگزون و ۵۴ اینترون دارد. محصول این mRNAها پروتئین کینازی غنی از لوسین است که در پاسخ به تنش در تولید و موجب تجمع عنصر کادمیوم در گیاه و تسطیح خاک از این عنصر میشود. با استفاده از پایگاه NCBI/blast توالی پروتئینی این ژن با mRNA ژن AT۱G۶۷۷۲۰ بیشترین مشابهت را داشت. این لوکوس در درخت فیلوژنی یافت نشد و انجام تحقیقات بیشتر برای یافتن خانواده ژنی توصیه میشود. با کمک ابزارهای بیوانفورماتیک میتوان جنبه های جدیدی از عملکرد و رابطه ژنها را بدست آورد که در مطالعه عملکردهای مختلف ژنها و مسیرهای بیوشیمیایی گوناگون در گیاهان و ژنومیک عملکرد مورد استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه ها

آرابیدوپسیس، AT۲G۳۷۰۵۰، کیناز غنی از لوسین، کادمیوم

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.