مطالعه وجود SNPها در ژن های SUNو OVATEدخیل در شکل میوه گوجه فرنگی

سال انتشار: 1400
محل انتشار: مجله علوم باغبانی، دوره: 35، شماره: 2
کد COI اختصاصی: JR_JHSUM-35-2_001
زبان مقاله: فارسی
تعداد مشاهده: 352

نویسندگان

گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشگاه ارومیه

چکیده

شکل میوه از صفات بسیار مهم و موثر در کیفیت گوجهفرنگی (Solanum lycopersicum L.) بوده و ژنهای SUNو OVATE از ژنهای کلیدی کنترل کننده طول میوه میباشند. به منظور شناسایی SNPها (Single nucleotide polymorphism) در این ژنها، قطعاتی از نواحی کد کننده آنها در ۹۶ ژنوتیپ گوجهفرنگی تکثیر و با آنزیمهای محدود کننده TruI وPstI هضم شد. هضم قطعات تکثیری این دو ژن در ژنوتیپها چندشکلی تولید نکرد بنابراین چهار ژنوتیپ از جمعیتهای مختلف انتخاب و قطعه تکثیری ژنها در این ژنوتیپها توالییابی شد. همردیفی توالیها برای شناسایی SNPها با استفاده از نرم افزار Clustal Omega انجام گرفت. توالییابی قطعه تکثیری ژن SUN منجر به شناسایی یک ناحیه اینترونی به طول ۳۶۹ جفت باز شد. بر اساس نتایج، در ژن SUN ده SNP شناسایی شد. از کل SNPهای شناسایی شده در این ژن، ۸۰ درصد آنها از نوع همجنس و ۲۰ درصد آنها از نوع غیرهمجنس بود. در ژن OVATE پنج SNP شناسایی شد که ۸۰ درصد آنها از نوع همجنس و ۲۰ درصد آنها از نوع غیرهمجنس بود. میانگین تعداد SNPها به ازای هر ۱۰۰ جفت باز در نواحی اگزونی و اینترونی ژن SUN به ترتیب ۹/۰ و ۶۲/۱ بود. در ژن OVATE به ازای هر ۱۰۰ جفت باز نیمSNP در ناحیه اگزونی شناسایی شد. با توجه به نقش مهم کیفیت میوه بخصوص شکل آن در بازارپسندی گوجهفرنگی، SNPهای شناسایی شده در این تحقیق میتواند در برنامههای اصلاحی گوجه فرنگی برای مطالعه تنوع ژنتیکی، تهیه نقشههای ژنتیکی و شناسایی نشانگرهای عملکردی مرتبط با شکل میوه مورد استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه ها

تنوع تک نوکلئوتیدی, جهش های همجنس, شکل میوه, گوجه فرنگی

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.