توالی یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox۲) در زیرخانواده Anthemideae
محل انتشار: مجله پژوهش های تولید گیاهی، دوره: 22، شماره: 2
سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 246
فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOPP-22-2_012
تاریخ نمایه سازی: 26 اردیبهشت 1400
چکیده مقاله:
سابقه و هدف:گیاهان دارویی، امروزه یکی از حائز اهمیتترین محصولات بخش کشاورزی محسوب میشوند. پیشرفت در زمینه گیاهان دارویی یکی از اهداف مهم فعالان بخش کشاورزی در حال حاضر میباشد. اگرچه گیاهان دارویی تاکنون در کشور ما بسیار کمتر مورد توجه بودهاند ولی اهمیت روز افزون این گیاهان در سراسر دنیا، امروزه توجه بسیاری از بخشهای کشاورزی را به خود معطوف نموده است. Anthemideae یکی از زیرخانواده های مهم در خانواده Asteraceae می باشد و دارای ۵ جنس با اهمیت شامل: بومادران (.Achillea sp)، بابونه (Matricaria sp..)، مخلصه (Tanacetum sp..)، درمنه (Artemisia sp.) و Santolina sp. می باشد که اغلب به عنوان گیاهان دارویی مهم در پزشکی مطرح میباشند. از آن جائیکه گیاهان این زیرخانواده، منبع غنی از آنتی اکسیدان های گیاهی می باشند که آنان را از اثرات مضر گونه های واکنشگر اکسیژنی حفظ می نمایند. آنتی اکسیدانها به دو گروه کلی آنزیمی و غیر آنزیمی تقسیم میشوند. به طور کلی آنتی اکسیدانهای گیاهی نسبت به آنتی اکسیدانهای سنتز شده به صورت شیمیایی عوارض کمتری دارند. آلترناتیواکسیداز یکی از آنزیم های مهم در زنجیره انتقال الکترون میباشد که مسئول مسیر تنفس آلترناتیو است و ژن aox۲ کدکننده یکی از زیرواحدهای این آنزیم می باشد. لذا شناسایی، ردیابی و توالی یابی ژن های کد کننده این ترکیبات در گیاهان زیرخانواده Anthemideae ضروری به نظر می رسد. مواد و روش ها: ابتدا براساس همردیف سازی چندتایی توالی های جستجو شده برای گیاه مدل آرابیدوپسیس و سایر گیاهان در پایگاه داده های بانک ژن (NCBI)، انجام شد. آغازگرهای اختصاصی به صورت هرز برای نواحی حفاظت شده آمینواسیدی (Active site) پروتئین AOX۲ طراحی شدند. آغازگرها در جنس های زیرخانواده Anthemideae ناحیه ای به طول تقریبی۳۰۰ جفت نوکلئوتید را تکثیر نمودند و در ادامه تعین توالی شدند. یافته ها:نتایج حاصل از جستجو با ابزار BLAST در پایگاه دادههای NCBI برای توالیهای بدست آمده، صحت توالیهای مذکور را تایید نمود. همچنین حضور ناحیه فعال پروتئینی در این توالیها، تایید دیگری بر صحت توالیهای بدست آمده بود. به منظور بررسی تنوع ژن aox۲ بین جنسهای مهم زیرخانواده Anthemideae میانگین کل Pairwise distance بر اساس دو مدل K۲P و P-diatance و بر اساس توالی نوکلئوتید ها (جایگزینی های همجنس Transition و ناهمجنس Transversion نوکلئوتید ها) از نرم افزار Mega ver ۵.۰ استفاده و درصد تنوع محاسبه گردید. داده های حاصل از آن ها نشان دادند جنس های مذکور از نظر ژن aox۲ حفاظت شده می باشند و Matricaria sp. و Achillea sp. نزدیکترین جنس ها به یکدیگر و جنس های Artemisia sp. و Chrysanthemum sp. دورترین جنس ها از یکدیگر محسوب می شوند. نتیجه گیری:نتایج حاصل از ترسیم نمودار خوشه ای برای ژن aox۲ ، حفاظت شدگی بالای aox۲ را در جنس های مذکور تایید نمود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
احد یامچی
عضو هیات علمی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان