بررسی فیلوژنتیکی و تکاملی توالی ژن میوستاتین شتر ترکمن در مقایسه با عملکرد این ژن در گونه های دیگر
- سال انتشار: 1398
- محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 29، شماره: 4
- کد COI اختصاصی: JR_ANIMAL-29-4_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 301
نویسندگان
بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی گلستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، گرگان
پژوهشکده فناوری های نوین زیستی، دانشگاه زنجان
بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی یزد، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، یزد
بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی گلستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، گرگان
چکیده
زمینه مطالعاتی: حدود ۲ هزار نفر از ۱۵۰ هزار نفر جمعیت شتر ایران در استان گلستان پرورش داده می شوند که هدف عمده نگهداری آنها گوشت و شیر می باشد. میوستاتین یا فاکتور تمایز ۸ (GDF۸) از خانواده فاکتورهای تمایز رشد بتا (TGF-β)، عامل محدود شدن توده عضلات اسکلتی می باشد، بنابراین جهش در این ژن می تواند باعث نوسانات شدید در تولید گوشت لخم در گونه های دامی گردد. هدف: این تحقیق با هدف بررسی توالی ژن میوستاتین با رویکرد بررسی تعیین روابط تکاملی نوکلئوتیدهای آن و نحوه عمل انتخاب طبیعی بر روی توالی نوکلئوتیدها و در نتیجه توالی اسیدهای آمینه پروتئین میوستاتین شتر ترکمن ایرانی با سایر گونه ها صورت گرفته است. روش کار: در این تحقیق برای اولین بار ژنوم کامل یک نفر شتر ترکمن بر اساس توالی یابی Hiseq ۲۰۰۰ شرکت ایلومینا انجام گرفت. با استفاده از روش Denovo حدود ۲۳۵۹۷۸ موارد کانت شده بدست آمد که با استفاده از خوانش منطقه ای، مورد کانت شده مربوط به ژن میوستاتین مشخص گردید. با بررسی هم ترازی توالی کامل ژن، اگزون ها و توالی اسید آمینه ای آن درخت های فیلوژنتیک تهیه گردید. نتایج: مقایسه توالی میوستاتین شتر ترکمن ایرانی و سایر گونه های شتر نشان داد که از لحاظ تکاملی این ژن بین شترهای دوکوهانه و تک کوهانه عربی قرار می گیرد. تفاوتی بین توالی پروتئین در هیچکدام از شترهای مورد بررسی مشاهده نشد که دلیل آن وجود جهش ها در نواحی اینترون ژن و یا مترادف بودن جهش های اتفاق افتاده، می باشد. نتیجه گیری نهایی: در بررسی ژن میوستاتین، علیرغم اینکه بین توالی نوکلئوتید اینترون و اگزون های ژن در این خانواده بین ۱ تا ۱۰۴ نوکلئوتید تفاوت وجود دارد، در توالی اسیدهای آمینه پروتئین این ژن تفاوتی مشاهده نگردید که نشان دهنده حفاظت کامل پروتئین این ژن طی دوره تکاملی می باشد. مقایسه شتر ترکمن ایرانی با سایر گونه ها نشان داد که گونه های شتر در یک گروه و در نزدیکی گونه اسب، انسان، گوسفند و بز قرار می گیرند.کلیدواژه ها
فاکتور تمایز ۸, ژنوم شتر ترکمن, هم ترازی, توالی یابی, تکاملاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.