بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و ارتباط فیلوژنتیکی گاومیش نژاد خوزستانی
عنوان مقاله: بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و ارتباط فیلوژنتیکی گاومیش نژاد خوزستانی
شناسه ملی مقاله: JR_ANIMAL-28-1_012
منتشر شده در در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_ANIMAL-28-1_012
منتشر شده در در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
محمدرضا زرگر - دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
جمال فیاضی - دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
محمدتقی بیگی نصیری - گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
حسین مرادی شهربابک - گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
خلاصه مقاله:
محمدرضا زرگر - دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
جمال فیاضی - دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
محمدتقی بیگی نصیری - گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
حسین مرادی شهربابک - گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
زمینه مطالعاتی: باتوجه به اهمیت گاومیش در جهت سازگاری با محیطهای خشک، مقاومت در برابر بیماریها، پایین بودن هزینههای نگهداری و استفاده موثر از مواد خشبی کم ارزش در جهت تولید مواد پروتئینی با ارزش، ارتقا ژنتیکی آن حائز اهمیت فراوانی است. هدف: این تحقیق به منظور یافتن فواصل ژنتیکی گاومیشهای مناطق مختلف خوزستان و ارتباط ژنتیکی آنها به کمک آرایه چندشکلی تک نوکلئوتیدی اجرا شد. روش کار: در این مطالعه از تعداد ۱۲۱ راس گاومیش از گلههایی که تحت پوشش سیستم ثبت مشخصات و رکوردگیری شیر در شهرستانهای اهواز، دزفول، شادگان، شوش، شوشتر، دشت آزادگان، کرمانشاهی با منشاء خوزستانی و سایر مناطق بودند، نمونهگیری شد. نمونهها با استفاده از تراشه ژنومی اختصاصی گاومیش با تعداد ۹۰ هزار نشانگرSNP تعیین ژنوتیپ شدند. سپس جایگاههای با حداقل فراوانی آللی کمتر از ۰۱/۰، تعادل هاردی واینبرگ کمتر از ۶-۱۰ و نرخ خوانش کمتر از ۰۵/۰ کنار گذاشته شدند. دادهها بکمک روشهای آماری چند متغییره همچون آنالیز مولفههای اصلی مورد کنکاش قرار گرفتند. نتایج: نتایج آنالیز روابط فیلوژنتیکی نشان داد گاومیشهای اهواز بدلیل مرکزیت، متاثر از گاومیشهای سایر نقاط استان میباشند، ولی گاومیشهای شوشتر و دزفول و دشتآزادگان، نسبت به اهواز اختلاط کمتری دارند. با استفاده از آنالیز مولفههای اصلی نتایج فوق تایید شد. جهت بررسی الگو و ساختار ژنتیکی برای جمعیتهای گاومیش استان خوزستان ارزشهای FSTبرای هر SNP به روش نااریب تتا محاسبه گردید. بیشترین میانگین ارزش FST بین جمعیت مربوط به گاومیشهای شهرستانهای دشتآزادگان و شادگان به ترتیب ۰۱۵۹/۰ و ۰۱۴۷/۰ و کمترین مربوط به شهرستانهای اهواز و شوش به ترتیب ۰۰۸۷/۰ و ۰۰۸۶/۰ بود. آزمونهای آماری ژنتیکی جمعیتی و تنوع نژادی نشان داد که در درون جمعیت گاومیشهای خوزستانی تنوع ژنتیکی بالایی وجود دارد. نتیجه گیری نهایی: نتایج گرافیکی آزمونهای خوشهبندی و انتساب حاکی از وجود حداقل ۳ زیر جمعیت نسبتا مجزا در گاومیشهای خوزستان می باشد. نتایج این تحقیق در مورد تنوع ژنتیکی مشاهده شده در سطح نوکلئوتیدها و فاصله ژنتیکی بین گروههای جمعیتی گاومیش استان، در مطالعات بعدی همچون تشکیل جمعیت پایه گاومیش خوزستان و انتخاب ژنومیکی شایسته توجه هستند.
کلمات کلیدی: آنالیز مولفه های اصلی, پویش کل ژنومی, تنوع تک نوکلئوتیدی, گاومیش خوزستانی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1212731/