بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و ارتباط فیلوژنتیکی گاومیش نژاد خوزستانی
- سال انتشار: 1397
- محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 28، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_ANIMAL-28-1_012
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 228
نویسندگان
دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
چکیده
زمینه مطالعاتی: باتوجه به اهمیت گاومیش در جهت سازگاری با محیطهای خشک، مقاومت در برابر بیماریها، پایین بودن هزینههای نگهداری و استفاده موثر از مواد خشبی کم ارزش در جهت تولید مواد پروتئینی با ارزش، ارتقا ژنتیکی آن حائز اهمیت فراوانی است. هدف: این تحقیق به منظور یافتن فواصل ژنتیکی گاومیشهای مناطق مختلف خوزستان و ارتباط ژنتیکی آنها به کمک آرایه چندشکلی تک نوکلئوتیدی اجرا شد. روش کار: در این مطالعه از تعداد ۱۲۱ راس گاومیش از گلههایی که تحت پوشش سیستم ثبت مشخصات و رکوردگیری شیر در شهرستانهای اهواز، دزفول، شادگان، شوش، شوشتر، دشت آزادگان، کرمانشاهی با منشاء خوزستانی و سایر مناطق بودند، نمونهگیری شد. نمونهها با استفاده از تراشه ژنومی اختصاصی گاومیش با تعداد ۹۰ هزار نشانگرSNP تعیین ژنوتیپ شدند. سپس جایگاههای با حداقل فراوانی آللی کمتر از ۰۱/۰، تعادل هاردی واینبرگ کمتر از ۶-۱۰ و نرخ خوانش کمتر از ۰۵/۰ کنار گذاشته شدند. دادهها بکمک روشهای آماری چند متغییره همچون آنالیز مولفههای اصلی مورد کنکاش قرار گرفتند. نتایج: نتایج آنالیز روابط فیلوژنتیکی نشان داد گاومیشهای اهواز بدلیل مرکزیت، متاثر از گاومیشهای سایر نقاط استان میباشند، ولی گاومیشهای شوشتر و دزفول و دشتآزادگان، نسبت به اهواز اختلاط کمتری دارند. با استفاده از آنالیز مولفههای اصلی نتایج فوق تایید شد. جهت بررسی الگو و ساختار ژنتیکی برای جمعیتهای گاومیش استان خوزستان ارزشهای FSTبرای هر SNP به روش نااریب تتا محاسبه گردید. بیشترین میانگین ارزش FST بین جمعیت مربوط به گاومیشهای شهرستانهای دشتآزادگان و شادگان به ترتیب ۰۱۵۹/۰ و ۰۱۴۷/۰ و کمترین مربوط به شهرستانهای اهواز و شوش به ترتیب ۰۰۸۷/۰ و ۰۰۸۶/۰ بود. آزمونهای آماری ژنتیکی جمعیتی و تنوع نژادی نشان داد که در درون جمعیت گاومیشهای خوزستانی تنوع ژنتیکی بالایی وجود دارد. نتیجه گیری نهایی: نتایج گرافیکی آزمونهای خوشهبندی و انتساب حاکی از وجود حداقل ۳ زیر جمعیت نسبتا مجزا در گاومیشهای خوزستان می باشد. نتایج این تحقیق در مورد تنوع ژنتیکی مشاهده شده در سطح نوکلئوتیدها و فاصله ژنتیکی بین گروههای جمعیتی گاومیش استان، در مطالعات بعدی همچون تشکیل جمعیت پایه گاومیش خوزستان و انتخاب ژنومیکی شایسته توجه هستند.کلیدواژه ها
آنالیز مولفه های اصلی, پویش کل ژنومی, تنوع تک نوکلئوتیدی, گاومیش خوزستانیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.