ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
CIVILICAWe Respect the Science
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
عنوان
مقاله

مطالعه فیلوژنی مولکولی و ساختار پروتئین matk در سوسن چلچراغ (Lilium ledebourii [Baker] Boiss)

سال انتشار: 1399
کد COI مقاله: JR_JOPP-27-4_011
زبان مقاله: فارسیمشاهد این مقاله: 13
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

خرید و دانلود فایل مقاله

با استفاده از پرداخت اینترنتی بسیار سریع و ساده می توانید اصل این مقاله را که دارای 12 صفحه است به صورت فایل PDF در اختیار داشته باشید.
آدرس ایمیل خود را در کادر زیر وارد نمایید:

مشخصات نویسندگان مقاله مطالعه فیلوژنی مولکولی و ساختار پروتئین matk در سوسن چلچراغ (Lilium ledebourii [Baker] Boiss)

مرتضی شیخ اسدی - گروه مهندسی علوم باغبانی و فضای سبز دانشگاه تهران
روح انگیز نادری - پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران گروه باغبانی
محسن کافی - عضو هیات علمی گروه فضای سبز پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
محمد رضا فتاحی مقدم - استاد دانشکده کشاورزی کرج
علیرضا سلامی - دانشگاه تهران

چکیده مقاله:

سابقه و هدف: ژن کلروپلاستی matk یکی از بهترین ژن های بارکد گیاهی است و از مناسبترین ژن ها برای بررسی روابط فیلوژنتیکی و تکاملی در سطوح گونه تا خانواده معرفی شده است. جنس لیلیوم مهمترین جنس خانواده لیلیاسه با تقریبا ۱۰۰ گونه است که چندین بار مورد طبقه بندی قرار گرفته است. طبقه بندی این خانواده همواره با مطالعات مورفولوژیکی، کاریولوژیکی و فیلوژنی پیگیری می شود. رویکردهای جدید فیلوژنی مولکولی باعث تغییراتی اساسی در این طبقه بندی شده است. سوسن چلچراغ از گونه های ارزشمند بومی ایران است که به شدت در معرض خطر انقراض قرار دارد. این گونه علی رغم ویژگی های ارزشمندی که دارد، تاکنون در هیچ مطالعه ای با سایر گونه های این خانواده از نظر جایگاه فیلوژنی مورد بررسی قرار نگرفته است. این پژوهش بـا بکارگیری توالی matk به بررسی جایگاه رده بندی و قرابت ژنتیکی سوسن چلچراغ بـا ۴۱ گونه دیگر از این جنس پرداخته است. مواد و روش ها: استخراج DNA با استفاده از کیت Qiagen DNEasy انجام شد. بعد از تایید کیفیت و کمیت DNA، توالی یابی بصورت Real-Time (SMRT) با استفاده از پلتفرم نسل جدید PacBio انجام و توالی کامل ژن matK با استفاده از ابزراهای بیوانفورماتیک استخراج و در پایگاه اطلاعات ژنی NCBI به شماره دسترسی MN۵۵۷۲۳۶ ثبت شد. به منطور بررسی روابط فیلوژنتیک، توالی matk ۴۱ گونه دیگر لیلیوم از پایگاه اطلاعات ژنی بدست آمد. همه توالی ها با روش ClustalW و با استفاده از نرم افزار مگا ۷ هم ردیف شدند. روش حداکثر درست نمایی جهت رسم درخت فیلوژنی بکار گرفته شد. فاصله ژنتیکی به روش K۲P محاسبه شد. میزان حداکثر درست نمایی مرکب الگوی جایگزینی نوکلئوتیدی با استفاده از ماتریس جایگزینی برآورد شد. با استفاده ابزارهای تخصصیFFPred ، InterProScan، TargetP و Phyre۲ ساختارهای ثانویهای از قبیل مارپیچ های α، پیچ های β و مارپیچ های تصادفی و ساختار سه بعدی پروتئین مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: طبق نتایج درخت فیلوژنی، لیلیوم ها به چهار خوشه A، B، C و D تقسیم شدند که گونه ایران در خوشه B قرار گرفت. بـر اسـاس توپولوژی فیلوژنی و همچنین بررسی فاصله ژنتیکی، سوسن چلچراغ بیشترین شباهت را با سه گونه ی Lilium pyrenaicum ، L. ciliatum و L. candidum با ارزش پایداری ۹۷ % داشت. در بررسی بیوانفورماتیکی، در همردیفی این پروتئین درجه بالایی از حفاظت شدگی مشاهده شد. سوسن چلچراغ در جایگاه ۲۷۱ دارای اسید آمینه آرژینین هست و از این نظر فقط با سه گونه L. pyrenaicum ، L. ciliatum و L. candidum مشابه بود. سایر گونه ها در این جایگاه دارای اسید آمینه لیزین بودند. تفاوت های زیادی در جایگاه های اسید آمینه ای مختلف از جمله در موقعیت های ۳۱۷، ۳۴۶، ۳۶۳، ۴۱۷ در گونه ها مشاهده شد. بررسی تشابه ساختار دوم توالی matk در سوسن چلچراغ نشان داد که این پروتئین دارای ۲۳۳ اسیدآمینه در مارپیچ α(۵۱/۴۵ درصد)، ۲۴ اسید آمینه در پیچ β (۶۹/۴ درصد) و ۱۵۶ اسید آمینه در مارپیچ تصادفی (۷۴/۳۰ درصد) است. نتیجه گیری: پژوهش حاضر برای اولین بار این ژن را در سوسن چلچراغ مورد تجزیه و تحلیل قرار داد و سـاختار دو بعـدی و موقعیـت α هلـیکس هـا و صفحات β مشخص شد. همچنین مدل ساختار سوم این پروتئین برای نخستین بار ارائه شد. بـر اسـاس توپولوژی فیلوژنی و همچنین بررسی فاصله ژنتیکی، سوسن چلچراغ بیشترین شباهت را با سه گونه ی L. pyrenaicum ، L. ciliatum و L. candidum داشت. به طور کلی، در این تحقیق قرابت سوسن چلچراغ از نظر مولکولی (فیلوژنی، ساختار پروتئین) با دیگر گونه های لیلیوم بررسی شد.

کلیدواژه ها:

گونه های لیلیوم, فیلوژنی, in silico, matk, DNA بارکدینگ

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/1209306/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
شیخ اسدی، مرتضی و نادری، روح انگیز و کافی، محسن و فتاحی مقدم، محمد رضا و سلامی، علیرضا،1399،مطالعه فیلوژنی مولکولی و ساختار پروتئین matk در سوسن چلچراغ (Lilium ledebourii [Baker] Boiss)،،،،،https://civilica.com/doc/1209306

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1399، شیخ اسدی، مرتضی؛ روح انگیز نادری و محسن کافی و محمد رضا فتاحی مقدم و علیرضا سلامی)
برای بار دوم به بعد: (1399، شیخ اسدی؛ نادری و کافی و فتاحی مقدم و سلامی)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 63,994
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی