همسانه سازی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن CCD۱ در زعفران(Crocus sativus L.) ایران
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: دوفصلنامه پژوهش های زعفران، دوره: 8، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JSRB-8-1_012
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 434
نویسندگان
دانشجوی دکتری رشته بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
استادیار، گروه زیست فناوری مواد غذایی، موسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی، مشهد، ایران.
دانشیار، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز،تبریز، ایران.
استاد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز. تبریز، ایران
چکیده
ایران بزرگترین تولیدکننده زعفران جهان میباشد بر همین اساس زعفران در کشور به عنوان یک محصول راهبردی محسوب می گردد. از آنجا که متابولیسم آپوکاروتنوئیدها عامل ارزش اقتصادی در گیاه زعفران است، لذا جداسازی و تجزیه و تحلیل شیمیایی ژن های درگیر در متابولیسم کاروتنوئیدها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. باتوجه به اهمیت ژن CsCCD۱ در بیوسنتز آپوکاروتنوئیدها، در این تحقیق به منظور شناخت بیشتر از ساختار ژنومی زعفران ایران، به بررسی ویژگی های فیزیکی و شیمیایی این ژن پرداخته شد. همچنین روابط فیلوژنتیکی آنزیم CsCCD۱ توسط سرورها و نرم افزارهای بیوانفورماتیکی با هدف مطالعه پتانسیل ساختاری آن مورد پیش بینی قرار گرفت. ویژگی های فیزیکی و شیمیایی و فیزیولوژی پروتئین CsCCD۱ توسط سرورها و ابزارهای Protparam، SOPMA، ProtScale، Pfam، ProtComp ، Signalp ، TMHMM، Targetp و Chlorop بررسی شدند. همچنین با استفاده از سرور Swiss-Model ساختار سه بعدی پروتئین CCD۱ مورد بررسی قرار گرفت و جهت اعتبار سنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی، پلات راماچاندران ترسیم گردید. نتایج تجزیه و تحلیل درخت فیلوژنتیکی نشان داد که از لحاظ ساختار اسید آمینه ای، پروتئین CsCCD۱ بیشترین قرابت را با CaCCD داشت. نتایج تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین CsCCD۱ حاکی از فقدان وجود توالی راهنما و منطقه تراغشایی در آن بود و بطور کلی، نتایج نشان داد که پروتئین CsCCD۱، آنزیمی از خانواده کاروتنوئیداکسیژنازها و پایدار در شرایط آزمایشگاهی است. تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیکی انجام شده بر روی پروتئین CsCCD۱ زمینه را برای مطالعات عملکردی آینده فراهم می کند.کلیدواژه ها
CsCCD۱, آپوکاروتنوئید, بررسی فیلوژنتیک, بیوانفورماتیک, مدل سازیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.