ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
CIVILICAWe Respect the Science
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
عنوان
مقاله

The analysis of repetitive sequences in Nigella sativa and N. damascena plants

سال انتشار: 1399
کد COI مقاله: CIGS16_428
زبان مقاله: انگلیسیمشاهد این مقاله: 12
متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

خرید و دانلود فایل مقاله

متن کامل (فول تکست) این مقاله منتشر نشده و یا در سایت موجود نیست و امکان خرید آن فراهم نمی باشد.

مشخصات نویسندگان مقاله The analysis of repetitive sequences in Nigella sativa and N. damascena plants

Fatemeh Orooji - Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, P. O. Box ۴۱۶,Sanandaj, Iran,
Ghader Mirzaghaderi - Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, P. O. Box ۴۱۶,Sanandaj, Iran,

چکیده مقاله:

Background and Aim: The Nigella genus belongs to Ranunculaceae family and consists of about ۲۰ species. Nigella sativa (۲n = ۲x = ۱۲) and Nigella damascena (۲n = ۲x = ۱۲) are two important species with large genomes. DNA repetitive sequences (i.e., transposons and satellite sequences) comprise ۲۵-۸۵% of plant genome. The study of the nature and distribution of repetitive sequences reveals valuable information about their evolution in different plant species. Some types of repetitive sequences are conserved among species, and some others show more variations. This study investigated the distribution of repetitive sequences in N. sativa and N. damascena by sequencing of the whole genome and k-mer analysis of sequences.Methods: Sat-۱ and Sat-۲ primers were designed by Primer۳, and sequences were amplified by PCR methods. The PCR products were labeled by Nick-translation kit. The genomic DNA was sequenced by paired-ends methods with coverage ۰.۱X (Illumina HiSeq ۲۵۰۰, NovoGene Co). The repetitive sequences identification was done by RepeatExplorer pipeline. The consensus monomers of satellite and dispersed repetitive sequences were identified by TAREAN. The FISH method with Sat-۱ and Sat-۲ probes was applied to locate the satellite repetitive sequences.Results: The results revealed that highly-repetitive sequences comprised ۵۴% of N. sativa genome. Retro-transposable elements were the major part of repetitive sequences, and retro-transposable type LTR comprised ۴۱% of repetitive sequences. Satellite repetitive sequences had a low frequency in Nigella genome, in which only two satellite repetitive sequences with half a percent of the genome were identified. The FISH revealed that repetitive sequences Sat-۱ and Sat-۲ were centromeric sequences in N. sativa, while they were not seen in N. damascena genome. Conclusion: The studied species had the same karyotype profile in terms of chromosomes shape and size, but their repetitive sequences revealed variation and evolution. The N. sativa chromosomes were distinguished by probes Sat-۱ and Sat-۲, ۵S rDNA and ۴۵S rDNA, and N. damascena chromosomes were identified by probes ۵S rDNA and ۴۵S rDNA.

کلیدواژه ها:

Whole genome sequencing, Fluorescent in situ hybridization, Karyotype, repetitive sequences, Nigella spp.

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/1195694/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
Orooji, Fatemeh and Mirzaghaderi, Ghader,1399,The analysis of repetitive sequences in Nigella sativa and N. damascena plants,چهارمین کنگره بین المللی و شانزدهمین کنگره ملی ژنتیک,تهران,,,https://civilica.com/doc/1195694

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1399, Orooji, Fatemeh؛ Ghader Mirzaghaderi)
برای بار دوم به بعد: (1399, Orooji؛ Mirzaghaderi)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 4,982
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

مقالات مرتبط جدید

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی