به کارگیری روشی نوین جهت مدل سازی DNA تک رشته ای به منظور مدل سازی آپتامرهای ویبریو کلرا و ارزیابی آن ها در محیط In silico

سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 588

فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

BIOLOGY03_021

تاریخ نمایه سازی: 16 فروردین 1400

چکیده مقاله:

باکتری ویبریو کلرا عامل بیماری وبا می باشد و در طول قرون گذشته مسئول اپیدمی های جهانی این بیماری عفونی و بسیاری از مشکلات دیگر بوده است. بنابراین توسعه یک روش سریع، حساس و کم هزین برای تشخیص و کنترل گسترش این عامل باکتریایی حائزاهمیت است.در سال های اخیر از آپتامرها به عنوان روشی سریع، حساس، بسیار خاص و کم هزینه در تشخیص و درمان میکروارگانیسم های بیماری زا استفاده شده است. که می تواند جایگزین های روش های سنتی باشد آن ها ویژگی های منحصر به فردی دارند که باعث نسبت به مولکول های شناساگر دیگر، نظیر آنتی بادی ها می گردد. از آن جایی که هیچ ابزار قابل اطمینان و مورد تاییدی یک پروتکل جدید و با به کارگیری ابزارهای مورد استفاده در مدل سازی ساختار دو بعدی وسه بعدی مولکول های RNA و همچنین شبیه سازی دینامیک مولکولی، ساختار سه بعدی مولکول های آپتامر ssDNA ویبریو کلرا مدل شود. سپس برهمکنش آپتامرها موجود با پروتئین OmpU که تا 60درصد از کل روتئین های خارجی غشایی باکتری ویبریو کلرا را تشکیل می دهد ونقش مهمی در بیماری زای عامل وبا بازی می کند، مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز نتایج داکینگ نشان داد که آپتامر V.ch27 اتصال قوی تری با بخش خارج سلولی پروتئین غشایی OmpU در سطح سلول ایجاد می کند و OmpU می توداند به عنوان یک هدف بالقوه برای آپتامر V.ch27 در نظر گرفته شود.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

حمیدرضا رسولی جزی

مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی دانشگاه صنعتی مالک اشتر

مهدی زین الدینی

مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی دانشگاه صنعتی مالک اشتر

سیدشهریار عرب

گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس تهران