Developing a tool to visualizing HSSP data

سال انتشار: 1398
محل انتشار: نهمین همایش بیوانفورماتیک ایران
کد COI اختصاصی: IBIS09_045
زبان مقاله: انگلیسی
تعداد مشاهده: 401

نویسندگان

Bioinformatics Lab, Department of Biophysics, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran

چکیده

The huge volume of protein data allows researchers to do variant process on sequences and structures including DSSP algorithm to generate DSSP and HSSP data. DSSP is an algorithm that standardizes the secondary structure [4]. HSSP is a process that has been performed on DSSP to identify similar proteins using the BLAST algorithm [5,6] and evaluate nucleotide positions [1,2,3]. The HSSP actually find homologous proteins and determines the variant of amino acids at each position [1,2,3].There is a lot of information in a HSSP result file that is not easy to extract. This tool could make HSSP files easier to understand by showing HSSP data on protein 3D structure. In addition to display protein 3D structure, this tool colors amino acids based on their conservation in the proteins of its family. Simultaneous representation of the 3D structure of the protein and the degree of conservation of residues can be useful for protein engineering

کلیدواژه ها

HSSP, Protein secondary structure, Homologue proteins, Conserved residue, Protein engineering

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.