تشخیص پروتئین های گربه پالاس با بررسی تبعیض کدونی در توالی RNA به کمک شبکه های عصبی مصنوعی مبتنی بر Rprop

ژن ها که به صورت شیمیایی از DNA تشکیل شده اند منجر به تعیین ساختار بیولوژیکی شده و در حفظ یکپارچگی عملکرد سلولی نیز نقش دارند. اساساً موجودات زنده از پنج جزء کل ی شامل پروتئین ها، اسیدهاي نوکلئیک، لیپیدها، آب و کربوهیدرات ها تشکیل شده اند. از میان این اجزاي ضروري، این پروتئین ها هستند که نقش مهمی در تعیین ویژگی سلول ها دارند. بسیاري از ژن ها، پروتئین ها را کد می کنند لذا تغییرات جزئی در یک پروتئین می تواند تغییرات مهمی در عملکرد آن ایجاد کند و یا به طور کلی عملکرد آن را از بین ببرد. این مقاله سعی دارد تا با در نظر گرفتن تبعیض کدونی در توالی RNA به کمک شبکه هاي عصبی مصنوع ی مبتنی بر Rprop به تشخیص پروتئین هاي گربه پالاس در میان طبقه گربه ایان بپردازد. گربه پالاس یک گربه سان وحشی کوچک بومی آسیاي میانه است. چشمان گرد این جانور، برجسته ترین ویژگی اش به شمار می آید. تا کنون سه زیرگونه از این گربه شناسایی شده و برآورد می شود که بین 4,8 تا 8,55 میلیون سال پیش، از یک جد مشترك با جنس پر یونیلوروس Prionailurus که از نظر ژنتیکی اختلاف داشته است به وجود آمده باشد . پس از شناسا یی ژنوم کامل گونه گربه پالاس در پایگاه NCBI نسبت به استخراج توال ی مرجع این گونه به شماره NC_028323.1 براي 13 پروتئین کشف شده اقدام گرد ید. سپس از طر یق شبکه هاي عصب ی مصنوع ی که الهام گرفته از ساختار بسیارپیچیده اعصاب می باشند به تشخیص پروتئین هاي گربه پالاس مبادرت گردیده است. آموزش شبکه عصبی طراحی شده از روش پس انتشار خطاي انعطاف پذیر Resilient Backpropagation که به اختصار Rprop نامیده می شود صورت گرفته است مدل شبکه عصبی با 64 نورون در لایه ورودي مطابق کدون هاي شناسایی شده از RNA هر یک از پروتئین ها تعریف گردیده است. مقا یسه نتایج حاصل از این شبکه عصبی با نتایج حاصل از مقایسه دو توالی پروتئین در BLAST که ابزار جستجوي اصلی انطباق محلی است نشان از مطابقت معناداري در شناسایی پروتیئن هاي گربه پالاس دارد

کلیدواژه ها:

پروتئین ، تبعیض کدونی ، توالی یابی ، انطباق محلی ، شبکه های عصبی ، پس انتشار خطا RNA ، Rprop