تجزیه و تحلیل مجموعه‌های ژنی جهت شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات وزن تخممرغ در کل دوره تولید
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 12، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-12-3_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 427
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
گروه علوم دامی
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز. تبریز، ایران.
چکیده
هدف: شناسایی ژنهای بزرگ اثر مؤثر بر صفات مهم اقتصادی یکی از مهم‌‌ترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش مرغ است. پژوهش حاضر به منظور مطالعه پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه‌های ژنی برای شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با وزن تخممرغ نژاد رُد آیلند رِد با استفاده از آرایه‌های ژنومی با تراکم بالا بوده است. مواد و روشها: اطلاعات رکورد‌های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با وزن تخممرغ نمونه‌ها از پایگاه ذخیره ژنومی برخط Figshare استفاده شد. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنیدار با ژن، ارتباط ژن‌ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می‌شود. بر این اساس، مطالعه پویش ژنومی برای صفات وزن تخممرغ در اولین تخمگذاری و 28، 36، 56، 66، 72 و 80 هفتگی در 1078 قطعه مرغ در برنامه GenABEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری که در داخل و یا 20 کیلوباز بالادست یا پایین دست نشانگرهای SNP معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی و ژنهای کاندیدا از طریق پایگاه‌های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش تعداد 9 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم‌‌های 3، 4، 6، 7، 8، 9، 19، 20 و 22 شناسایی شدند که با ژنهایMC3R ،LEPR ، ECT2، SH3GL2، KCNMA1، SPP1، PCK1، MMP9، PPP1CB، ACOX1 و IGFBP2 مرتبط بودند. تعدادی از این نشانگرهای شناسایی شده در مناطق ژنومی معنیدار با مطالعه پیشین مرتبط با وزن تخممرغ همخوانی داشتند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 28 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن تخممرغ شناسایی شد (P˂0.01). از این بین، مسیرهایRegulation of feeding behavior،Positive Regulation of apoptotic process،Positive regulation of protein phosphorylation osteoblast differentiation، Positive regulation of gluconeogenesis، Cell-cell junction وFocal adhesion عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با وزن تخممرغ و فرآیند تولید تخم مرغ از طریق رشد اووسیت و تخمکاندازی، تشکیل پروتئین آلبومین و تشکیل پوسته تخم مرغ بر عهده داشتند. نتیجه گیری: با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی صفات وزن تخممرغ و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافتههای این تحقیق میتواند در انتخاب ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی مرغ مفید باشد.کلیدواژه ها
آنالیز مسیر, پویش ژنومی, هستی شناسی, وزن تخممرغاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.