بررسی مقایسه ای ژنوم سویه های مایکوباکتریوم توبرکولوزیس و مایکوباکتریوم بوویس مورد استفاده در تولید توبرکولین ساخت موسسه رازی با استفاده از روش MIRU-VNTR
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- کد COI اختصاصی: R-1093159
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 259
نویسندگان
چکیده
در اواخر دهه هشتاد شمسی میزان تولید توبرکولین های گاوی و مرغی مورد مصرف دامپزشکی ساخت موسسه رازی به مرز یک میلیون و هشتصد هزار دز در سال، نزدیک گردید. موفقیت مهمی که در طول بیش از نیم قرن تولید این محصولات در ایران بیصسابقه بود. تولید صنعتی توبرکولین که در طول چند دهه اخیر تغییر چندانی نیافته است به صورت سنتی متکی بر کشت انبوه سویهصهای شناخته شده ای از باکتریصهای عضو کمپلکس مایکوباکتریوم توبرکلوزیس میصباشد که به جهت برخورداری از تشابه ساختاری گسترده در ژنوم و فنوتیپ و همچنین برخورداری از ساختار جمعیتی کلونال، تشخیص تفریقی میان آنها بسادگی مقدور نبوده معمولا خارج از توان آزمایشگاه های باکتری شناسی عمومی می باشد. این سویهصها که عبارت اند از سویهصهای سه گانه م. توبرکولوزیس C، DTو PNو سویه منفرد مایکوباکتریوم بویس AN5 نظیر هر باکتری دیگری در جریان فرایند تقسیم سلولی و در طول زمان ممکن است متحمل تغییرات ژنتیکی گردند که میصتواند بر خصوصیات ماهوی آنها و از جمله ویژگیصهای بیوشیمیایی و ایمونولوژیکی تاثیر بگذارد. جدیدترین نوبت از موارد تهیه این سویه ها از خارج از کشور به سال 1385 باز می گردد که بصورت غیر رسمی و در قالب همکاری های مشترک علمی از موسسه تحقیقاتی و تولیدی واکسن ترکیه بنام Etlik Veterinary Microbiological Institute به موسسه رازی انتقال داده شده و در تولید توبرکولین مورد استفاده قرار گرفته اند. با در نظر گرفتن این موضوعات در مطالعه حاضر دو مبحث متفاوت اما مرتبط در ارتباط با این سویه-ها دنبال گردیده است: در مرحله نخست قابلیت های کاربردی دو استراتژی وابسته به PCR به نام هایRD typing و MIRU-VNTR typing در تعیین هویت سویهصهای مولد توبرکولین به کار گرفته شده است. استراتژی RD typing مورد استفاده در این تحقیق خود از مجموعه ای از آزمون های مستقل را شامل می گردد که بخش هایی از مناطق شناخته شده ژنوم مایکوباکتریوم ها بنام های 16S rRNA، Rv0577 ، IS6110 و RD1، RD4، RD9 و RD12 را مورد هدف قرار می دهند که انجام آنها امکان احراز هویت قطعی باکتری تحت مطالعه از نظر عضویت در جنس مایکوباکتریوم و گروه م. توبرکلوزیس و همچنین تعیین گونه آن را فراهم میصسازد. از طرف دیگر استراتژیtyping MIRU-VNTR به کار رفته در این مطالعه از الگوریتمی استفاده می نماید که تعداد تکرارهای قطعات خاصی از ژنوم را در 10 منطقه ژنتیکی به نام هایETRA، ETRB، ETRC، ETRD، ETRE، ETRF، MIRU،10 MIRU،26 MIRU،40 QUB11b نشان می دهد. در مبحث دوم مجددا این دو راهبرد به خدمت گرفته میصشوند تا اینصبار ساختار ژنومی شناخته شده این سویه ها با آنچه که بصورت مشابه در خارج از این در مورد آنها شناخته و معرفی شده است مقایسه و اهمیت کاربردی آنها مورد بررسی قرار گیرد. اجرای موفقیت آمیز این مطالعه علاوه بر فراهم کردن امکان تدوین پروتکل های کاری آزمایشگاهی و از جمله نحوه تهیه نمونه DNA ژنومی مناسب به روش جوشانیدن بدون نیاز به اجرای روش طولانی و شناخته شده "مشهور به روش CTAB"، منجر به دستیابی یافته های مهمی گردید که از جمله آنها می توان به موارد ذیل اشاره نمود: 1) ضمن تایید هویت سویه های سه گانه انسانی م. توبرکلوزیس DT،C، و PN بعنوان اعضای گروه م. توبرکلوزیس نشان داده شد که این سویه ها با استفاده از راهبرد مورد استفاده در تحقیق حاضر قابل افتراق از سویه گاوی م. بوویس AN5 می باشند. 2) الگوی ژنتیکی هر سه سویه انسانی موسسه رازی با یکدیگر و با اطلاعات منتشر شده از سویه م. توبرکلوزیس DT اجدادی موجود در موسسه ویبریج انگلستان در 6 لوکوس ETRA، ETRB، ETRC، ETRD، ETRE، ETRF مطابقت و همخوانی دارد، 3) در میان سه سویه انسانی ژنوم سویه های م. توبرکلوزیس C و م. توبرکلوزیس DT و م. توبرکلوزیس C1336 (نمونه آرشیوی لیوفلیزه از سویه م. توبرکلوزیسC وارد شده از موسسه ویبریج انگلستان مربوط به سال 1336) و همچنین م. توبرکلوزیس PN از نظر تعداد تکرارهای ژنتیکی در 9 لوکوس از لوکوس های 10 گانه مورد بررسی در این تحقیق به نام هایETRA، ETRB، ETRC، ETRD، ETRE، ETRF، MIRU،10 MIRU،26 MIRU40 با یکدیگر مطابقت کامل دارند و امکان افتراق آنها با این استراتژی میسر نمیصباشد. اما م. توبرکلوزیس PN، م. توبرکلوزیس C و م. توبرکلوزیس C1336 در لوکوس QUB11b با م. توبرکلوزیس DT قابل افتراق می باشند بطوریکه اندازه قطعه 10-MIRU در سه سویه نخست موجود در موسسه رازی 412 bp و طول همین این قطعه در سویه DT موسسه 343 bp می باشد. 4) بررسی مقایسه ای میان دو پاساژ متفاوت از سویه های م. توبرکلوزیس PN و م. توبرکلوزیس C موجود در موسسه رازی تنها در دو لوکوس MIRU،26 MIRU10 تفاوت های را نشان داد. استناد به نشانه های دیگر از جمله مقایسه ساختار ژنتیکی این سویه ها در لوکس های تحت مطالعه با آنچه از جدایه های کلینیکی جمع آوری شده از گاو در موسسه رازی موجود می باشد شانس بروز حالت آلودگی اتفاقی در جریان تجدید کشت سویه های تولیدی توبرکولین را بسیار کم اهمیت نشان می دهد. آیا این تفاوت های محدود نشانه بروز موتاسیون در ژنوم این سویه ها پس از ورود آنها به موسسه رازی و یا پیش از آن می باشند، پاسخ به این سوال خارج از مقدورات و یافته های تحقیق حاضر بنظر می رسد. 5) در مورد سویه گاوی م. بویس AN5اندازه قطعه ETR-E سویه فعلی موجود در موسسه رازی به طول 171 bp از اندازه همین قطعه 224 (bp (در سویه اجدادی آن متعلق به موسسه ویبریج انگلستان (خواستگاه اولیه این سویه) کوچک تر به نظر می رسد علاوه بر ، اندازه قطعه ETR-F سویه فعلی موجود در موسسه رازی 414 bp می باشد حال آنکه همین لوکوس در سویه موجود در ویبریج به طول 469 bp گزارش گردیده است. چون تاکنون اطلاعاتی در ارکلیدواژه ها
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.