ژنوتایپینگ سویه تولیدی بورخولدریا مالیی و جدایه های بومی با استفاده از روش VNTR و REA
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- کد COI اختصاصی: R-1067953
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 276
نویسندگان
چکیده
در تاریخچه علم پزشکی مشمشه برای نخستین بار توسط بقراط و ارسطو تعریف و مورد توجه قرار گرفت. این بیماری توسط بورخولدریا مالیی بعنوان پاتوژن اجباری در اسب سانان و بصورت اتفاقی در انسان، گربه سانان و همچنین سگ سانان ایجاد می گردد. مشمشه جزو بیماری های اولویت دار برنامه کاری سازمان دامپزشکی کشور بوده و شناسایی آن از طریق انجام مالییناسیون تک سمی ها صورت می پذیرد. عامل این بیماری باکتری غیر متحرک و بدون اسپور است که در گذشته به عنوان تنها جنس خانواده پزدوموناسه قلمداد می گردید و سپس با بررسی 16s rRNA باکتری، به خانواده جدید بورخولدریاسه انتقال یافت. پس از گذشت بیش از شصت سال مبارزه با بیماری و جداسازی موارد اخیر عامل بیماری از اپیدمی های حادث شده هنوز اطلاعات موجود از سویه یا سویه های باکتری مولد بیماری در ایران و ارتباط آن با دیگر کشورها اعم از همسایگان و سایر نقاط جهان ناچیز می باشد. همگام با پیشرفت در مطالعه ژنوم پاتوژن های باکتریایی در سالهای اخیر، روش های مولکولی در جهت مطالعه مقایسه ای و اپیدمیولوژی بورخولدریا مالیی توسعه یافته اند. استفاده از واحدهای تکرار شونده ژنومی که به عنوان Tandem repeat معروف هستند بدلیل مشاهده تنوع در تعداد آنها در مناطق خاصی از ژنوم باکتری که بنامVariable Number of Tandem Repeat loci (VNTR) شهرت یافته اند و سبب تنوع در میان سویه های باکتری می گردند، در مطالعه تنوع ژنتیکی میان سویه های باکتری عمومیت یافته اند. لذا در مطالعه حاضر با استفاده از روش VNTR analysis، REA و PFGE بر مبنای پروتکل های موجود توسعه یافته توسط محققین خارجی سعی گردید تا ساختار ژنتیکی سویه تولیدی (آزمایشگاهی) بورخولدریا مالیی موسسه رازی مورد استفاده در تولید صنعتی مالیین، همراه با 4 جدایه کلینیکی، مورد بررسی قرار گرفت.کشت سویه های مورد مطالعه در محیط های کشت نوترینت گلیسرینه در دمای C˚37 و شرایط هوازی به مدت 48 ساعت انجام گرفت. استخراج DNA به روش ایزوآمیل الکل-کلروفرم انجام شد و لوکوس های 8، 13 و 1217 همراه با پرایمرهای آن انتخاب گردید و PCR انجام شد. در آزمون VNTR، هر سه لوکوس با کیفیت بالا تکثیر و چهار الگوی مشخص شناسایی گردید. با بررسی نتایج انگشت نگاری ژنتیکی قطعات محدود کننده توسط PFGEمشخص شد که دو سویه سمیرم و اشنویه الگوی ژنومی مشابه ولی سویه های کردان، ببری و تولیدی دارای الگوی متفاوتی می باشند، بدین ترتیب مشخص شد که تا زمان حاضر، حداقل دو سویه در کشور به صورت بومی و در حال گردش می باشد و همچنین به غیر از سویه تولیدی، احتمال اینکه سویه ببری به کشور وارد شده باشد، وجود دارد.تکنیک VNTR برای تشخیص ساختار جمعیت در یک مقیاس معین مکانی مناسب است اما برای ارتباط تکاملی بین سویه ها مناسب نیست. تکنیک PFGE یک روش تایپینگ با تمایز بالا در تشخیص بورخولدریا مالیی می باشد و روشی در دسترس که در یک زمان کوتاه با دقت و حساسیت بالا می تواند منشا بروز و شیوع بیماری را در یک منطقه شناسایی کند.واژه های کلیدی: مشمشه، بورخولدریا مالیی، VNTR، REAکلیدواژه ها
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.