پویش ژنومی اسبهای بومی ایران
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- کد COI اختصاصی: R-1053210
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 310
نویسندگان
چکیده
تکنیک های نوین توالی یابی با کارایی بالا به عنوان رهیافت نوینی در شناسایی واریانت های ژنتیکی و اطلاعات عملکردی در گونه های بسیاری از چمانگان قرار گرفته اند. اسب مینیاتوری کاسپین با توجه به ویژگی های منحصر به فرد ژنتیکی و فنوتیپی خود، یکی از نژادهای مهم اسب در ایران و جهان است. از این رو، پژوهش حاضر به شناسایی واریانت های ژنتیکی چندشکلی های تک نوکلیوتیدی، حذف و اضافه های کوتاه و واریانت های تعداد در نسخه(CNV) در اسب مینیاتوری کاسپین و بررسی نقش آن ها در فرآیندها و مسیرهای بیولوژیک ویژه پرداخته است. با استفاده از توالی یابی با کارایی بالا، Gb113 از DNA ژنومی سه مادیان کاسپین با میانگین عمق 47/83 توالی یابی شدند. این توالی یابی با میانگین همپوشانی 14/41 کم و بیش 76/4 درصد از ژنوم رفرانس اسب را پوشش داد. با استفاده از فیلترینگ سختگیرانه 2909816 چندشکلی تک نوکلیوتیدی، 358020 حذف و اضافه های کوتاه و 160 CNVشناسایی شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که اسب مینیاتوری کاسپین دارای توالی ها و واریانت های منحصر به فردی است که در دیگر نژادهایی که تاکنون توالی یابی شده اند دیده نمی شوند. کلاسترینگ عملکردی واریانت های ژنی اسب مینیاتوری کاسپین نشان داد که بیشتر این واریانت ها در ژن های مرتبط با فرآیندهای سیستم عصبی، تنظیم ورارسانی فرسته های بیوشیمیایی مرتبط با گوانیدین تری فسفات، موفوژنز سلولی، سازمان بندی اسکلت سلولی، توسعه رگی، جنبایی سلولی و انتقال غشایی روی داده است. فزون براین، واریانت های ساختاری ژنوم اسب مینیاتوری کاسپین مانند اینورژن ها و نیز حذف و اضافه های بزرگ ژنومی که در این پژوهش شناسایی شدند، می توانند در طراحی نشانگرهای ژنتیکی برای کارهای اصلاح نژادی و نیز بررسی های جمعیتی سودمند واقع شوند. واژه های کلیدی: توالی یابی با کارایی بالا، اسب مینیاتوری کاسپین، واریانت ژنتیکی، ژن های تولیدمثلی و عملکردیکلیدواژه ها
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.