پیشبینی پیوند در شبکه دوبخشی فنوتیپ و ژنوتیپ، با هدف ارائه لیست کاندیداهای اولویت بندی شده با استفاده از داده های GWAS

پی بردن به منشا اصلی ژنتیکی صفات و بیماریها، از جمله پژوهش های چالش برانگیز و مهم در زیست شناسی و رشته های مشابه تلقی میشود. رویکردهای مطالعه ارتباط گسترده ژنوم 1و مطالعه ژن کاندیدا 2،از جمله تلاشهای اولیه ای هستند که برای کمک به محققان در این زمینه استفاده شدند. بعد از اینگونه رویکردهای تجربی، روشهای دیگری با رویکرد محاسباتی توسعه داده شدند.. روشهایی که به عنوان مثال از داده کاوی،3 تعامل پروتئین – پروتئین،4 هستان شناسی و تفسیر عملکردی،5 اطلاعات تنظیمی 6و شبکه ها برای بررسی ارتباط میان فنوتیپ و ژنوتیپ ا ستفاده میکنند. در رویکرد مطالعه ارتباط گسترده ژنوم، به برر سی تمام ژنوم و نیز در روش مطالعه ژن کاندیدا به دانش قبلی برای معرفی یک ژن کاندیدا نیاز است. در این تحقیق، از روش پیشبینی پیوند در شبکه که روشی محاسباتی ا ست، در شبکه دوبخشی ا ستخراج شده از داده های GWAS، با هدف پیشبینی ارتباطهای کشف نشده میان موجودیتهای ژنوتیپی و فنوتیپی به عنوان لیست کاندیدا، ا ستفاده شده است. با بهره گیری از نتایج این پژوهش، میتوان نیاز به ا ستفاده از کل ژنوم را در رویکرد مطالعه ارتباط گسترده ژنوم کاهش داد و نیز میتوان از آن به عنوان لیست کاندیدا در مطالعات ژن کاندیدا استفاده کرد. برای ساخت این لیست کاندیدا، پس از استخراج شبکه دو بخشی موجودیتهای فنوتیپی – موجودیتهای ژنوتیپی از داده GWAS، و استفاده از هستان شناسی و گروه بندی گره ها، روشهای پیش بینی پیوند مبتنی بر شباهت محلی، بررسی شدهاست. سپس بهترین روش انتخاب و لیستی از کاندیداهای اولویت بندی شده برای ارتباط میان موجویتهای فنوتیپی و ژنوتیپی با مقدار AUC برابر با 92,40 در بهترین حالت، پیش بینی شده است.

کلیدواژه ها:

مطالعه ارتباط گسترده ژنوم (GWAS) ، شبکه دو بخشی ، پیشبینی پیوند ، ژن های کاندیدا ، فنوتیپ-ژنوتیپ