بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: دو فصلنامه دانش گیاه پزشکی ایران، دوره: 51، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJPPS-51-1_012
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 338
نویسندگان
دانشجوی دکتری ویروس شناسی گیاهی دانشگاه ولی عصر(عج) رفسنجان
عضو هیات علمی/ دانشگاه ولی عصر رفسنجان
کارشناسی ارشد/ دانشگاه ولی عصر (عج) رفسنجان
هیات علمی
چکیده
ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus) یکی از ویروس های متعلق به جنس پوتی ویروس، دارای دامنه میزبانی وسیع و پراکندگی جغرافیایی گسترده ای می باشد. این ویروس سالیانه خسارت بالایی به حبوبات مختلف از جمله باقلا در ایران وارد می کند. در این پژوهش13 جدایه ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای استان های مختلف ایران (استان های سیستان و بلوچستان، هرمزگان، کرمان، خوزستان، فارس، لرستان، ایلام، همدان، قزوین، زنجان، اردبیل و آذربایجان شرقی) جمع آوری گردید. ناحیه پروتئین پوششی جدایه های جمع آوری شده پس از توالی یابی با توالی پروتئین پوششی 178جدایه منتخب از GenBank، مورد مقایسه قرار گرفت. توالی های نوکلئوتیدی جدایه های ایرانی مورد بررسی، به میزان 99-86 درصد با سایر توالی هایBYMV مشابهت داشتند. روابط تبارزایی جدایه های ویروس موزائیک زرد لوبیا پس از حذف جدایه های نوترکیب، با رسم درخت به روش Maximum Likelihood و بر اساس توالی نوکلئوتیدی ناحیه پروتئین پوششی مورد بررسی قرار گرفت. بر این اساس همه جدایه ها به جز سه جدایه AI38، PAC-1، BYMV-W در هشت گروه مونوفیلتیک قرار گرفتند. جدایه های ایرانی در دو گروه متمایز در کنار جدایه های باقلا، عدس، لوبیا، گلایول و آفتابگردان از کشورهای ژاپن، استرالیا، عراق و اسپانیا تقسیم بندی شدند. براساس نتایج بدست آمده، رابطه مستقیمی بین گروه بندی جدایه ها براساس بررسی تبارزایی توالی نوکلئوتیدی ناحیه پروتئین پوششی و منشا میزبانی و جغرافیایی مشاهده نشد. بررسی ساختار پروتئین پوششی در جدایه های ایرانی و سایر جدایه های موجود در GenBank نشان دهنده حفاظت شدگی بالای نواحی انتهایی کربوکسیل و ناحیه مرکزی پروتئین پوششی و متغیر بودن ناحیه ابتدای آمینی بود.کلیدواژه ها
بیماری های ویروسی, پی سی آر, تبارزایی, موتیف, نوترکیبیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.