همسانه سازی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن های CCD4a و CCD4b در زعفران (Crocus sativus L. ) ایران
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: فصلنامه زراعت و فناوری زعفران، دوره: 8، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_SAFRON-8-2_004
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 780
نویسندگان
دانشجوی دکتری رشته بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.
دانشیار، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز،تبریز، ایران
استادیار، گروه زیست فناوری مواد غذایی، موسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی، مشهد، ایران.
استاد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز. تبریز، ایران.
چکیده
زعفران به عنوان یکی از گرانبهاترین ادویهها و رنگهای طبیعی است که در صنایع مختلف از جمله غذایی، دارویی و آرایشی- بهداشتی مورد استفاده قرار میگیرد. در سال های اخیر، خانواده ای از آنزیم ها که پیش مادههای کاروتنوئیدی را در جایگاه پیوندهای دوگانه برش می دهند، در گیاهان شناسایی و معرفی شده اند. به این خانواده از آنزیم های برشدهنده کارتنویید دی اکسیژناز CCD)) گفته میشوند. در این تحقیق به دلیل اهمیت ژن های CCD در بیوسنتز آپوکاروتنوئیدهای زعفران، دو ایزوفرم از این ژن با استفاده از روش نسخهبرداری معکوس همسانهسازی، تعیین توالی و نتایج با موارد مشابه خارجی مورد مقایسه قرار گرفتند. بررسیهای بیوانفورماتیکی شامل بررسی ارتباطات خویشاوندی و نیز ساختارهای پروتتینی مورد ارزیابی قرار گرفت. مدل سازی سه بعدی این پروتئین ها به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه Swiss Model پس از انتخاب الگوی مناسب انجام گرفت. همچنین جهت اعتبارسنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی، پلات راماچاندران ترسیم گردید. نتایج حاصله نشان داد دو ایزوفرم CCD4a و CCD4b هر دو دارای دو اگزون (641 و 1099 جفت باز برای CCD4a و 614 و 1099 جفت باز برای CCD4b) و یک اینترون (670 جفت باز در CCD4a و 668 جفت باز در CCD4b) هستند. بررسی In silico خصوصیات فیزیکوشیمیایی پروتئین های CsCCD4a و CsCCD4b بیانگر این حقیقت بود که پروتئینهای بدست آمده از این دو ایزوفرم از نظر وزن مولکولی، تعداد اسیدهای آمینه، نقطه ایزوالکتریک، شاخص آلیفاتیک، شاخص ناپایداری و حلالیت مشابه میباشند. نتایج بررسی ساختارهای سه بعدی بدست آمده نشان داد این دو ایزوفرم دارای ساختارهای سه بعدی مشابهی میباشند. یافتههای این تحقیق میتواند اطلاعات با ارزشی در رابطه با رفتار و واکنش آنزیم CCD4 در مسیر سنتز آپوکاروتنوئیدهای زعفران فراهم کند و همچنین این نتایج میتواند در برنامههای آتی اصلاح ژنتیکی زعفران ایران مفید واقع گردد.کلیدواژه ها
CCD4, بررسی فیلوژنتیک, بیوانفورماتیک, مدل سازیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.