شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 12، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-12-1_009
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 612
نویسندگان
دانشگاه شهید باهنر کرمان
دانشگاه شهید باهنر کرمان
دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران و عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان.
بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
چکیده
هدف: ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی آینده ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنومی چهار قطعه مرغ از نژاد مرندی با استفاده از تکنیک توالییابی کل ژنوم بررسی شد. مواد و روشها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومی از استان آذربایجان شرقی گرفته شد. توالییابی کل ژنوم به صورت -End paired یا دو سویه توسط شرکت ایلومینا 2500Hiseq انجام شد. کیفیت دادهها توسط برنامهFastQC بررسی شدند. دادهها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامه BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal5) همردیف شدند. چندریختیهای تکنوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامه GATK شناسایی شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنوم با برنامه SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج: درصد همردیفی توالیهای کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش X7 بود. در این پژوهش 8679990 چندریختی تک نوکلئوتیدی و 911095 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاههای چندریختیهای تک نوکلئوتیدی شناسایی شده برای ژنوم چهار مرغ به ترتیب 33/0 و 35/0 بود. نتیجهگیری: نتایج مستندسازی نشان داد که درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی خاموش (64/74 درصد) بیشتر از درصد چندریختیهای تک نوکلئوتیدی غیرمترادف (بد معنی و بی معنی، 36/25 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، میتواند برای برنامههای اصلاح نژادی و حفاظتی و نیز بررسی های ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.کلیدواژه ها
توالی یابی کل ژنوم, چند ریختی های تک نوکلئوتیدی, حذف و اضافه های کوچک, مرغ مرندیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.