مطالعه نیمرخ بیانی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی با روش توالی یابی رونوشت ها
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 12، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-12-1_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 712
نویسندگان
دانشجوی دکترای کشاورزی هسته ای، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولیدات گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان،
گرگان گرگان-دانشگاه علوم کشاورزی
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
عضو هیات علمی/استادیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
چکیده
هدف: خشکی از مهمترین عوامل محدودکننده زمین های کشاورزی بوده و اثرات نامطلوبی بر رشد و تولید گیاهان اعمال میکند. اسطوخودوس انگلیسی گیاهی دارویی و معطر است که بهدلیل ارزش اسانس آن از اهمیت فوقالعادهای برخوردار است. با توجه به ماهیت نسبتا مقاوم این گیاه به کمآبی، میتواند جایگزین مناسبی برای گیاهان دارای نیاز آبی بالا در کشور باشد. بهمنظور شناسایی برخی ژنهای دخیل در پاسخ به خشکی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی، تحلیل ترنسکریپتوم این گیاه در شرایط تنش خشکی و شاهد با بکارگیری فناوری RNA-Seq انجام پذیرفت. روش: RNAهای پیامرسان بافت برگ و گل گیاهان شاهد و تحت تنش خشکی توسط Illumina HiSeq. 2000 توالییابی شد. ضمن اینکه فعالیت برخی آنزیمهای آنتیاکسیدان، مالوندآلدئید و دیتیروزین در گیاهان شاهد و تحت تنش اندازهگیری شد. یافتهها: از مجموع 264126 رونوشت توالییابی شده، 1083 ژن در بافت گل و 150 ژن در بافت برگ در اثر اعمال تنش خشکی نسبت به گیاهان شاهد بیان افتراقی داشتند. چندین گروه GO شامل فعالیت کاتالیتیکی، پاسخ به محرکها و اتصال، در ژنهای دارای بیان افتراقی غنی شدند. همچنین آنالیز KEGG، مسیرهای مختلف مرتبط با تنش مثل سنتز متابولیتهای ثانویه، متابولیسم گلوتاتیون و پرولین و انتقال سیگنال هورمونی را شناسایی نمود. ضمن اینکه برخی ژنهای مرتبط با آنزیمهای آنتیاکسیدانت در این تحقیق شناسایی شد. نتیجهگیری: مطالعه حاضر اولین گزارش از کاربرد RNA-Seq در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی است. تحلیل بیوشیمیایی صورت گرفته در این تحقیق نیز با نتایج به دست آمده از RNA-Seq مطابقت داشته است. یافتههای حاصل از این تحقیق درک ما را از شبکه مولکولی پاسخ دهنده به تنش خشکی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی توسعه داده است.کلیدواژه ها
آنالیز بیوشیمیایی, انتولوژی ژن (GO), ژن های با بیان افتراقی (DEGs), RNA-Seqاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.