تاثیر مقیاس ماتریس روابط خویشاوندی ژنگانی بر برآورد مولفه های واریانس و درستی پیش بینی ارزش های اصلاحی
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 48، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-48-2_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 527
نویسندگان
دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه فردوسی مشهد
استادیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه فردوسی مشهد
دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه فردوسی مشهد
چکیده
در این پژوهش، روش برای پیش بینی فراسنجه های ناشناخته پنج مدل بهترین پیش بینی نااریب خطی ژنگانی (ژنومی G-BLUP) از روش بیز و نمونه گیری گیبس استفاده شد. در هر مدل از مقیاسهای متفاوتی برای ماتریس G شامل استفاده از فراوانی آللی جمعیت بنیان گذار (Gfoun)، فراوانی آللی جمعیت مرجع (Gref)، فراوانی آللی برابر با 5/0 (G05)، یک ماتریس نرمال شده با میانگین عنصرهای قطری برابر با یک (Gnorm) و یک ماتریس G وزن شده با ماتریس A (Gwei)، استفاده شد. برای مقایسه نتایج از یک جمعیت دارای آمیزش تصادفی و یک جمعیت انتخاب شده، برای صفتی با وراثت پذیری 25/0 روی یک ژنگان با QTL 105 و 3000 نشانگر تک نوکلئوتیدی روی سه کروموزوم استفاده شد. نتایج نشان داد، عنصرهای ماتریس های G در مقایسه با ماتریس A واریانس بالاتری دارند. میانگین عنصرهای قطری و غیر قطری به غیراز Gnorm و Gwei از عنصرهای متناظر در A بالاتر بودند. روش های Gnorm-BLUP و G05-BLUP در مقایسه با سه روش دیگر منجر به برآورد متورم واریانس ژنتیکی شدند که این تورم در جمعیت انتخاب شده کمتر بود. میانگین درستی پنج مدل G-BLUP در جمعیت تصادفی 084/0 بالاتر (736/0 در مقابل 652/0) از جمعیت انتخاب شده و میانگین اریبی 014/0 پایین تر (026/0 در مقابل 04/0) بود. اریبی پیش بینی ارزش اصلاحی حقیقی جمعیت انتخاب شده با استفاده از Gwei نزدیک به صفر ولی با Gref بیشتر از 06/0 بود. بیشترین درستی و کمترین اریب می تواند با استفاده از فراوانی آللی جمعیت مرجع که با ماتریس A مقیاس شده اند، بهدست آید.کلیدواژه ها
اعتبارسنجی متقابل, پیش بینی ژنگانی, روش بیز, فراوانی آللی, قابلیت پیش بینیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.