ارزیابی کارایی تکنیک نمونه گیری تجمعی بوت استرپ بر صحت روش بهترین پیش بینی نااریب خطی ژنومی
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 48، شماره: 4
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-48-4_009
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 376
نویسندگان
دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
استاد، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
استادیار، گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
چکیده
به منظور افزایش صحت ارزیابی های روش بهترین پیش بینی نااریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونه گیری تجمعی بوت استرپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاه های ژنی کنترل کننده صفات کمی (QTL)، به مدت 100 نسل بین 100 فرد (50 نر و 50 ماده) آمیزش تصادفی صورت گرفت. در نسل 101 (جمعیت مرجع) تعداد نمونه ها به 1000 یا 2000 فرد افزایش یافت و برای این افراد یک ارزش فنوتیپی شبیه سازی شد. سپس اثر نشانگرها در این جمعیت با استفاده از روش GBLUP و روش ترکیبی GBLUP با تکنیک بگینگ (BGBLUP) برآورد گردید. در آخر با استفاده از ضرایب رگرسیونی برآورد شده و با توجه به ژنوتیپ نشانگرها برای افراد جوان نسل های 102 تا 105 که جمعیت تائید نام دارند و فاقد فنوتیپ اند، ارزش های اصلاحی ژنومی محاسبه شد. براساس نتایج پژوهش حاضر، صحت ارزش های اصلاحی ژنومی روش GBLUP در همه حالات از حیث عددی بالاتر از BGBLUP بوده (p > 0.05) و در مورد نسل اول جمعیت تائید (نسل 102) و بدون توجه به توزیع آثار جایگزینی ژنها، با جمعیتی برابر 1000 (یا 2000) فرد در جمعیت مرجع دامنه صحت ارزش های اصلاحی ژنومی روش GBLUP از 049/0±339/0 (042/0±412/0) برای صفت با توارث پذیری 5 درصد تا 015/0±728/0 (015/0±783/0) برای صفت با توارث پذیری 65 درصد متفاوت بود و مقادیر مشابه برای روش BGBLUP نیز به ترتیب 047/0±338/0 (042/0±411/0) و 016/0±725/0 (015/0±780/0) بود.کلیدواژه ها
انتخاب ژنومی, تکنیک بگینگ, صحت ارزیابیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.