تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی
- سال انتشار: 1397
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 49، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-49-1_008
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 321
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
استادیار، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
چکیده
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ) های متراکم برای ارزیابی همه افراد جمعیت مقرون به صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی های ژنگانی میتوان گروهی از حیوان ها را با تراشههای با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشههای کمتراکم تعیین نژادگان (ژنوتیپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تاثیر سه تراشه کمتراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد شده به تراکم بالای 10k و رابطه خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای تایید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزشهای اصلاحی برآوردشده در تراشههای مختلف با استفاده از داده همانند سازیشده، بررسی شد. برای ساختن تراشههای کمتراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرمافزار FImpute صورت گرفت. به طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزشهای اصلاحی برآوردشده به دست آمده از تراشههای مختلف افزایش پیدا کرد. به گونه ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشه کمتراکم 4k و تراشه متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگانهای تراشه 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابیهای ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصله جمعیت مرجع و جمعیتهای تایید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.کلیدواژه ها
رابطه خویشاوندی, نشانگر, همانند سازیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.