مدل سازی شبکه ژنی و کاوشگری در برخی از بافت های گونه گاو با استفاده از داده های ریزآرایه DNA
محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 49، شماره: 2
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 371
فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-49-2_012
تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1399
چکیده مقاله:
هدف از این پژوهش، شناسایی ژن ها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکه های بیزی در دادههای بیان ژن و کاوشگری در بافت های مختلف گونه گاو با استفاده از داده های ریزآرایه DNA بود. با استفاده از دادههای خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژن ها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناسایی شده و سپس شبکه بیزی، برای آن ها برازش داده شد. ژنها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجههای درجه درون و بیرون شناسایی شدند. اندازه پوشش مارکفی در شبکههای مختلف متفاوت بود که به احتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکههای یادشده در بافتهای مختلف است. در روش شبکه ژن محور، در بافت ماهیچهCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871 وINHBA به عنوان ژن های هاب شناسایی شدند. همچنین در روش ایجاد شبکه کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافتهای کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژنها در روش ژن محور در ایجاد شبکه ژنی به عنوان ژن هاب استخراج نشدند.
نویسندگان
امین مرتضوی
دانشجوی دکتری، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
امیر رشیدی
استاد، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
مصطفی قادری- زفره ئی
استادیار زیست سامانه های محاسباتی، گروه علوم دامی دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
پرهام مرادی
دانشیار رایانه، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :