بررسی جمعیت موثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تک جوری در گاومیش های نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشه های متراکم نشانگری

هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوک­های تک جوری (هاپلوتیپی) و اندازه موثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشه­های متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان های مورد بررسی و ارزیابی 243 راس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استان­های گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت داده­های نژادگانی (ژنوتیپی)، 62141  SNP برای تجزیه وتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تک جور­ها و اندازه موثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصله بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29­/0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصله 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 به دست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصله میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونه­های تجزیه شده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوک­های تک جوری خوشه­بندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش می­دهند.اندازه موثر جمعیت با استفاده از آماره (r2) محاسبه شد. اندازه موثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد.

کلیدواژه ها:

اندازه موثر جمعیت ، بلوک تک جوری ، چند شکلی تک نوکلئوتیدی ، گاومیش ، نامتعادلی پیوستگی