تجزیه فیلوژنتیک و هاپلوگروهی بزهای بومی ایران بر اساس توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری

بزهای بومی ایران به­عنوان یکی از ذخایر ژنتیکی ارزشمند محسوب می­شوند و حفظ تنوع ژنتیکی آنها حائز اهمیت است. ژنوم میتوکندری در یک اکوتیپ و مقایسه آن با سایر اکوتیپ­ها می­تواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در آن جمعیت را ارائه دهد. هدف از پژوهش اخیر بررسی ساختار ژنتیکی و ترسیم روابط فیلوژنتیکی ناحیه HVR1 میتوکندری چهار توده جمعیتی بز­های بومی ایران شامل سیستانی، پاکستانی، عدنی و سیاه لری (هر کدام 4 راس) و مقایسه آنها با توالی نوکلئوتیدی جایگاه مذکور در دیگر اکوتیپ­های بز­ می­باشد. استخراج DNA کل به روش فنل- کلروفرم انجام شد و واکنش تکثیر با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی انجام گرفت. محصولات تکثیرشده پس از خالص سازی به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی­های مذکور به همراه  توالی مشابه از ژنوم میتوکندری مربوط به سایر اکوتیپ­های بز بدست آمده از مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. با بررسی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در توده­های مختلف بز در مطالعه حاضر 123 جایگاه چندشکلی و 16 هاپلوتیپ شناسایی شد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 15 درصد از تنوع بین جمعیت­ها و 85 درصد در درون جمعیت­ها است. کلیه توده­های بز ایران استفاده شده در مطالعه حاضر در گروه هاپلوتیپی A که معمولا در همه قاره­ها یافت می­شود گروه­بندی شدند. مقادیر آماره­های D و Fs تست تاجیما (به­ترتیب 14/2- و 55/9-) در مطالعه اخیر منفی بود که ممکن است به دلیل کوچک بودن اندازه نمونه­ مورد استفاده در این مطالعه باشد. نتایج این مطالعه نشان داد توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 میتوکندری ابزار مناسبی برای مطالعات ژنتیکی و گروه­بندی توده­های جمعیتی بز در ایران و دنیا است.

کلیدواژه ها:

تنوع ژنتیکی ، روابط فیلوژنتیکی ، ناحیه دی لوپ ، هاپلوگروهی