ردیابی و معرفی نشانگرهای ریزماهواره در گیاه شاهدانه با کاوش در ترنسکریپتوم
- سال انتشار: 1397
- محل انتشار: فصلنامه علوم باغبانی ایران، دوره: 49، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JHS-49-2_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 369
نویسندگان
دانشجوی دکتری، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
چکیده
گیاه شاهدانه یکی از مهم ترین گیاهان ازنظر اقتصادی برای تولید دارو، غذا، فیبر و روغن است. بااین حال نبود نشانگرهای کافی و موثر ریزماهواره، گسترش بررسی های ژنتیکی این گیاه را محدود کرده است. در این پژوهش داده های ترنسکریپتوم برای شناسایی و معرفی ریزماهوارهها به منظور بررسی تنوع ژنتیکی و تفکیک رقم ها و جمعیتهای فیبری و دارویی استفاده شد. بر پایه این داده ها 3388 مکان ریزماهواره از 1402 توالی در رقم فیبری و 10381 مکان از 4743 توالی در رقم دارویی شناسایی شد. در میان این نشانگرها موتیف های سه نوکلئوتیدی و پس از آن تک و دو نوکلئوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. آغازگرهای مناسب برای افزونش 234 ریزماهواره از 152 توالی منحصر در رقم فیبری و 1543 ریزماهواره از 1372 توالی مختص در رقم دارویی طراحی شدند. این بررسی نخستین ارزیابی در مقیاس گسترده برای شناسایی نشانگرهای ریزماهواره از توالیهای ترنسکریپتوم در گیاه شاهدانه است. تاثیر این نشانگرهای مولکولی میتواند با استفاده از جمعیتهای موجود در ایران آزمون و ارزیابی شده و کارایی آنها در اصلاح این جمعیتها بررسی شود.کلیدواژه ها
بررسی های ژنتیکی, تیپ دارویی, ریزماهواره ها و فیبری, موتیف دو نوکلئوتیدیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.