بهینهسازی استخراج DNA از ماکروجلبکهای حاوی میزان بالای ترکیبات پلیساکاریدی و فنولی

ماکروجلبکها یا علفهای دریایی دارای سازگاری بالایی با شرایط مختلف محیطی هستند به همین علت قادر به سنتز رنج وسیعی از متابولیتهای ثانویه بالخصوص ترکیبات پلیساکاریدی و فنولی مانند آگارز، آگاروپکتین هستند که این ترکیبات تاثیرات منفی قابل توجهی را در استخراج DNA خالص از گونههای مختلف ماکروجلبکی به جای میگذارند. همچنینخصوصیات مرفولوژیکی برخی ماکرو جلبکها و نحوه اشتباه نمونهبرداری سبب دژنره شدن قسمت اعظم DNA نمونه- ها پس از نگهداری میشود که این امر استخراج DNA کافی از آنها را مشکل و یا حتی ناموفق کردهاست. بنابراین از آنجا که استخراج DNA خالص جهت مطالعات مولکولی از اهمیت ویژهای برخوردار است این مطالعه با هدف استخراج سریع، آسان و ارزانتر DNA خالص از ماکروجلبکهای تازه و بالخصوص خشک شده انجام شدهاست. این مطالعه براساس روش پایه CTAB با تغییراتی در ساخت بافر استخراج و شستشو DNA انجام شدهاست بدین صورت که در بافر استخراج غلظت EDTA و PVP افزایش و سارکوسیل به آن افزوده شد، همچنین در مرحله شستشو از دو دونوع بافر شستشو مختلف استفاده شد. خلوص DNA استخراج شده در نسبت A260/A280 بین1/6-1/84و در نسبت A260/A230 کمتر از 2بود که به ترتیب نشاندهنده عاری بودن DNA استخراج شده از ترکیبات پروتئینی و پلیفنولی/ پلیساکاریدی میباشد، نیز غلظت DNA بین ug/uL 0 ٧-2 اندازهگیری شد. - DNA استخراج شده جهت تکثیر با PCR و بارکدینگ ژن TufA به کاربرده شد. به طورکلیاهمیت این روش در استخراج ساده و ارزان DNA ژنومی با کیفیت بالا از ماکروجلبکهای تازه و خشک شده حتی بعد از یکسال نگهداری میباشد.

کلیدواژه ها:

ماکروجلبک ، استخراج DNA ، پلیساکارید ، بارکدینگ ، ژن TufA