آنالیز بیوانفورماتیکی توالی ژن VIN3 در گیاه چغندرقند

بهارهسازی، ارتقاء به مرحله گلدهی در پاسخ به درجه حرارت پایین، یکی از بهترین نمونههای مشخص از تنظیم اپیژنتیک درگیاهان است که بعد از قرارگیری در یک دوره طولانیمدت سرما و در طی یک سری پیامرسانی، ژن ضروری پاسخ به بهارهسازی، VIN3 بیان میشود. این ژن، دومین پروتئینی PHD را کد میکند که باعث تغییر ساختار پروتئینهای تحریکشده در پاسخ به سرما میشود. سرکوب اپیژنتیکی عوامل بازدارنده گلدهی ازجمله FLC توسط ژن VIN3 در طی بهاره سازی انجام میشود. در طی بهاره سازی VIN3 از طریق سرکوبگر کمپلکس 2 1 باعث تسریع در متیلاسیون هیستون H3 لیزین 22 شده کهباعث افزایش سرکوب کروماتین موردنظردر لوکوس FLC میشود که نتیجه آن فرایند بهارهسازی است. اخیراً مشخص شده است که VIN3 در گیاه آرابیدوپسیس با قرارگیری در شرایط کمبود اکسیژن نیز تحریک میشود و چون این تحریک با درجه حرارت پایین همراه میباشد القاء بهصورت کمی اتفاق میافتد. چغندرقند دارای 3 همولوگ ژن VIN3 میباشد. در این تحقیق ناحیهتنظیمی بالادست این ژنها بررسی شد. تعداد 1011 جفت باز از ناحیه بالادست جایگاه آغاز رونویسی بهعنوان ناحیه پروموتری ژنهای VIN3 چغندرقند از پایگاه NCBI گرفته شد، تعیین جایگاه احتمالی پروموتر توسط پایگاه softberry و آنالیز پروموترهاتوسط پایگاههای plantCARE ، Place و PLantPAN انجام شد. نتایج نشان داد که VIN3 شامل موتیف MYB/GTمیباشد که MYB2 یا سایر پروتئینهای MYB میتوانند به آن متصل شوند. دو توالی موتیف GT القاء کننده بیهوازی درپروموتر ژن کد کننده پروتئین یک VIN3 بر روی رشته اصلی قرار داشت و بر روی رشته اصلی و مکمل پروتئین 2 شبهVIN3 به ترتیب 2 و 1 توالی موتیف GT حضور داشتند. در این تحقیق حضور موتیف GT در همولوگهای ژن VIN3 چغندرقند مشخص گردید، که نشان میدهد این ژنهامیتواند در پاسخ به تنشکمبود اکسیژن نقش بهسزایی داشته باشند.

کلیدواژه ها:

VIN3 ، AtMYB2 ، آنالیز پروموتر ، کمبود اکسیژن